Eesti Hobuse Kaitse Ühing arutas 2002 üldkoosolekul Penijõel ja hiljem juhatuse koosolekutel eesti hobuse kui ohustatud tõu olukorda. Ühingu liikmetelt ja hobusekasvatajatelt on tulnud ohutundest kantud küsimusi ja ettekandeid, et eesti hobuse genofond võib kannatada ristamiste läbi ja tema tähtsus bioloogilise mitmekesisuse säilitajana väheneda võõra vere osa suurenemise ja üksikute edukamate liinide liiga suure ülekaalu tõttu.
Kuna riigi tähelepanu tõu säilitamisele on kasvanud ja see avaldus 2003.a. erakordselt suures rahalises toetuses ( 750 000 kr. põllumajanduse keskkonnatoetust, 400 000 kr. ohustatud tõu säilitamiseks EHKÜ- le ja 400 000 kr. ohustatud tõu säilitamiseks EHS-ile pluss aretustoetus tõuraamatu pidamiseks ja jõudluskontrolliks EHS-ile), leidis EHKÜ üldkoosolek ja täpsustas seda juhatus, et praegu on võimalik järsult parandada puhtatõulise eesti hobuse säilitamiseks tehtavat tööd ja selleks tuleks koordineerida kõigi asjast huvitatute jõupingutusi ning ressursside kulutamist.
EHKÜ esimesed suhteliselt ebamäärased koostööpakkumised ei leidnud vastukaja ja ilmnes rida arusaamatusi ja vastuolusid ka puhtatõulisuse mõistmisel ja eesti hobuse nimetuse kasutamisel. Seetõttu pöördus EHKÜ juhatus põllumajandusministri poole kirjaga, kus paluti luua nende küsimuste arutamiseks ja põhiküsimustes konsensuse leidmiseks komisjon hobusekasvatajate, teadlaste, keskkonnakaitsjate ja avalikkuse esindajatest, kus oleksid esindatud võimalikult kõik erinevad seisukohad. Minister suunas komisjoni moodustamise Veterinaar- ja Toiduametile ja VTA direktori kt. Ago Pärteli käskkirjaga (nr 811, 21.10.2003.a.) moodustati komisjon.
Komisjoni esimene koosolek toimus 27. oktoobril 2003 VTA ruumides. Päevakorra põhiküsimused olid eesti hobuse tõunimetuse kasutamine, puhtatõulisuse määratlemine ja tõu säilitamise abinõud ning aretustoetuse maksmise alused ohustatud tõugudele.
Komisjoni teine koosolek toimus 15.12.2003. Päevakavas oli Aretustoetuse maksmise alustest ohustatud tõugude säilitajatele 2004 aastal - Kaija Uuskam; Aretustoetuse kasutamisest eesti hobuse säilitamisel 2003 aastal.
Kavandatud tegevus 2004.a. eesti hobuse säilitamiseks - Andres Kallaste (EHS) ja Raigo Kollom (EHKÜ); Rahvusvaheline koostöö Eesti hobusetõugude geneetiliseks uurimiseks – Haldja Viinalass ja Diskussioon.
Komisjoi kolmas koosolek toimus 17.02.2004. Päevakorras oli Eesti hobuse definitsioon ja aretuse eesmärk - Hanna Kreen, põllumajandusmagister; Puhtatõulisuse mõiste - Eesti Põllumajandusülikooli formuleering puhtatõulisuse kohta, dots. Heldur Peterson; Hobuste jõudluskontrolli mõiste - Eesti hobusekasvatajate Seltsi ja Eesti Hobuse Kaitse Ühingu formuleeringud hobuste jõudluskontrolli olemusest, knd. Andres Kallaste ja Raigo Kollom.
Komisjoni neljas ja viimane koosolek toimus 03.12.2004 , päevakorras oli Ülevaade hobuste geneetiliste ressursside ja säilitamisealasest konverentsist Leedus, 19.detsember 2004.a. („Biodiversity of horse genetic resources, its characterization and conservation”) - EPMÜ prof. Haldja Viinalass; Eesti hobuse tüüp, kokkuvõte Eesti Hobuse Komisjoni väljasõiduistungist - VTA gen.ressursside büroo peaspetsialist Urve Kaasiku; EPMÜ ettekanne eesti hobuse tüübi osas – EPMÜ dotsent Heldur Peterson; Komisjoni töö ümberkorraldamisest - Komisjoni esimees Katrin Reili
Komisjonis olid arutusel teemad ka üldisest hobusekasvatusest ning sooviti komisjoni ulatust laiendada kõigi hobusekasvatusalaste küsimuste jaoks Eestis. Eesti hobuse komisjon sellega oma tegevuse lõpetas, kuid ka üldist komisjoni ei kutsutud kordagi kokku.