Eesti hobusel esineb värvustel palju erinevaid varjundeid.
Eesti hobuste tõuraamatus on värvus nimetatud 98% hobustel. Kuna erinevaid nimetusi on andmestikus veidi alla saja, grupeeritakse statistiliseks töötlemiseks värvusnimetused enam levinud värvusgruppidesse: albiino, hall, hiirjas, kimmel, kollane, kõrb, must, punane, raudjas ja võik
Kuna tõuraamatut hakati pidama alates 1921. aastast, siis on andmeid hobuste värvuste kohta sajandi algusaastatel minimaalselt. Aastatel 1930-1949 oli hobuste arv kõige suurem, mistõttu on neist aastaist ka enim andmeid värvuste kohta. Kuni 1950. aastateni ei langenud sündinud hobuste hulgas kõrvide osatähtsus alla 31%. Raudjas värvus on eesti hobuste hulgas samuti küllalt levinud, varieerudes aastate 1910-2005 jooksul vahemikus 13-27%. Kui möödunud sajandi keskel oli punane värvus veel eesti hobuste hulgas esindatud, siis viimastel aastatel esines seda aina vähem (alates 1980. aastast on tõuraamatusse kantud kõigest 4 punase värvusega hobust). Kuigi eesti hobusel ei ole välja kujunenud päris kindlat nn oma värvust, on enam levinud kõrb ja raudjas värvus. (Ševtsova, 2008)
Võikude hobuste hulka on diagrammidel loetud nii tavalised võigud kui ka ulukvõigud, olenemata geneetilisest erinevusest.
Kõrbide ja raudjate hobuste hulgas on ilmselt ka teatud hulk hiirjaid hobuseid, kellede puhul väline värvusvaatlus ei ole geneetilise kuuluvuse määramiseks olnud piisav.
Enamiku tõuraamatusse kantud albiino värvusega märade osas on tegu valkjaskollaste-sõrasilmsete (cremello) hobustega.
2004. aastal võeti Eestis kasutusele hõbegeeni kandvate värvuste märkimine, näiteks hõbekõrvid või hõbemustad värvused. Hõbegeeni omavatel hobustel on must, võik või kõrvi värvusega keha, lakk ja saba on valkjad või hallid. hõbegeen määrati eraldiseisvana alles 1997. aastal ning esimest korda hakati hõbehgeeni märkima Ameerikas Morgani hobuste juures 2002. a. Paljud hõbegeeniga hobused kajastuvad diagrammidel raudjatema, suurendades sellega raudjate osakaalu, olenemata sellest, et nende hobuste põhivärvuseks on enamasti kas must või kõrb.
Paljudel eest hobustel esineb seljal ja laudjal tume jutt ning osadel sebroidsus jalgade ülaosas ja turja piirkonnas.