Eesti hobust väga palju välja veetud ja temaga on parandatud paljusid teisi tõugusid. 12.-13. sajandil vedasid Eestist hobuseid välja peamiselt Novgorodi kaupmehed. Rootsiaegne hobuste massiline väljavedu ja sõjaväe kehvemate hobuste väljavahetamine-mahajätmine sõdade ajal nõrgestas eesti hobuse tõukoosseisu eriti tunduvalt. 13. sajandil kasutati eesti hobust sõjahobusena, eriti palju rootsi ajal lahingutes.
Kuni 18. sajandini oli eesti hobune levinud talupoegade ainukese hobusetõuna Liivi-ja Eestimaa kubermangus. Oma tugeva veojõu, vastupidavuse ja vähenõudlikkuse tõttu omandas ta ülevenemaalise kuulsuse.
Sihikindel eesti hobust aretus algas 1921. aastal, mil Haapsalus asutati tõuselts ja hakati pidama tõuraamatut. Eesti hobust aretatakse peamiselt puhasaretuse teel. Veojõu, kehakaalu ja kõrguse suurendamiseks toodi aastail 1921…1938 Eestisse 13 soome täkku, kellest väljapaistvamate liinide rajajaks kujunesid Vuhti 136 E, Taru 149 E ja Lari 23 E. Kohalikest, aborigeense põlvnemisega täkkudest on tänaseni aretuses Ahti 228 E, Raspel 70 E , Taube 60 E ja Eni 8 E liin.